รัฐศาสตร์เดิมรัฐศาสตร์มีฐานะเป็นเพียงวิชาโทและสนับสนุนวิชาของ เอก - พัฒนาสังคม และเอกภูมิศาสตร์ ปี2521 มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ได้พิมพ์ เอกสารหลักสูตรเปิดรับนักศึกษาใหม่ผิดพลาด โดยระบุว่ามีวิชาเอกรัฐศาสตร์ จึงมีนักศึกษาจำนวน 34 คน เรียนวิชาเอกนี้ พอเข้ามาศึกษาแล้ว ช่วงเทอม 2 ปรากฏว่า อาจารย์นิภา ไชยเศวต แจ้งว่ายังไม่ได้ขอหลักสูตรเปิดเป็นวิชาเอกรัฐศาสตร์ นักศึกษาทั้ง 34 คน จึงส่งรายชื่อถึง อ.มาเนาะ ยูเด็น เพื่อร้องเรียนในเรื่องดังกล่าว มกราคม 2523 ขีดเส้นตายให้นักศึกษาจำเป็นต้องเลือกวิชาเอก โดยได้รับการกดดันจากฝ่ายบริหารมหาวิทยาลัย และอาจารย์ บางท่านในคณะด้วย จึงทำให้เหลือ ผู้ตั้งใจจริงเพียง 7 คน รวมตัวกันเป็นทางการ เพื่อกดดันคณะและมหาวิทยาลัยอย่างลับๆ ปลายปี 2524 หลังจากที่เข้าไปเจรจาทั้งกับทางคณะ และมหาวิทยาลัย ร่วมประชุมกันหลายหน โดยมีอาจารย์ที่ช่วยเหลืออย่างเต็มที่ และเต็มใจ คือ อาจารย์ กวี ศิริธรรม (ปัจจุบันเสียชีวิตแล้ว) อาจารย์พีรยศ ราฮิมมูลา อาจารย์มาเนาะ ยูเด็น และอาจารย์วันเนาว์ ยูเด็น โดย อาจารย์ พีรยศ ได้รับมอบหมายให้แก้ไขปัญหาดังกล่าว จึงเดินทางไปเสนอหลักสูตร ที่ทบวงมหาวิทยาลัย ยกฐานะของรัฐศาสตร์ให้เป็นวิชาเอก โดยแบ่งรัฐศาสตร์ เป็น 2 แผน คือ แผน ก. รัฐศาสตร์ทั่วไปและแผน ข. รัฐศาสตร์ท้องถิ่น จังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยให้เหตุผลว่าจังหวัดปัตตานีเป็นพื้นที่พิเศษ รัฐศาสตร์ของปัตตานีจึงควรมีอะไรที่พิเศษด้วย ทางทบวงมหาวิทยาลัย จึงยอมรับหลักสูตรดังกล่าว และได้รับการอนุมัติตั้งแต่บัดนั้น เป็นต้นมาและได้มีการปรับปรุงหลักสูตรดังกล่าว เมื่อปี พ.ศ. 2537 ทบวงมหาวิทยาลัย จึงยอมรับหลักสูตรดังกล่าว และได้รับการอนุมัติตั้งแต่บัดนั้น เป็นต้นมาและได้มีการปรับปรุงหลักสูตรดังกล่าว เมื่อปี พ.ศ. 2537

        ต่อมาได้มีการจัดตั้งคณะรัฐศาสตร์เป็นหน่วยงานภายใน มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ที่จัดตั้งขึ้นตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่ 279 (3/2548) เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2548 เพื่อให้เป็นคณะที่เชื่อมโยงการปกครองกับวัฒนธรรมท้องถิ่นภาคใต้ เพื่อทำหน้าที่ผลิตบัณฑิต ทำการวิจัย บริการวิชาการ และทำนุบำรุงศิลปะและวัฒนธรรม โดยเน้นการเรียนการสอน สาขาวิชาการปกครอง นโยบายสาธารณะ และความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ ที่เชื่อมโยงกับวัฒนธรรมท้องถิ่น และสอดคล้องกับสภาพการเมือง การปกครอง เศรษฐกิจ และสังคม ในพื้นที่ภาคใต้ โดยได้ตัดโอนอัตราอาจารย์ จำนวน 6 อัตรา จากแผนกวิชาเอกรัฐศาสตร์ ภาควิชาสังคมศาสตร์ คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2548 และในภาคการศึกษา 1/2549 ได้ตัดโอนหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต วิชาเอกรัฐศาสตร์